施設栽培の野菜の圃場（ほじょう）で線虫が多く発生している場合は、石灰窒素の施用で太陽熱、有機物腐熟促進による発酵熱、潅水（かんすい）密閉による土壌還元を組み合わせた太陽熱・石灰窒素法が有効と考えられます。

土壌診断を行い、「ベールマン法」という方法で分離して種類と頭数を顕微鏡や遺伝子検査で測定します。定性的には加害状況から発生状況を判断します。

線虫の対抗作物である緑肥（ヘイオーツなど）を栽培し石灰窒素を施用してすき込むなど、薬剤防除以外の防除方法もあります。

シストセンチュウの卵は、丈夫なシスト（殻）の中で休眠するため、防除が難しいです。石灰窒素は、豆類のダイズシストセンチュウに対する効果が認められています。石灰窒素の主成分であるカルシウムシアナミドから分解されたシアナミドが線虫と接触し、農薬効果を発揮します。播種（はしゅ）前・移植時に10a当たり100㎏を散布し、土壌混和します。